Ustrojstvo Zagrebačke nadbiskupije u 15 arhiđakonata potvrdila je i Prva sinoda Zagrebačke nadbiskupije 1925. godine, koja je u njima potvrdila postojeće i ustanovila neke nove dekanate. To sinodsko stanje dopunio je nadbiskup dr. Alojzije Stepinac, kada je 4. srpnja 1943. ustanovio od 5 župa podno Medvednice, od Šestina do Granešine, novi Remetski dekanat u okviru Katedralnog arhiđakonata, te novi Varaždinsko-toplički dekanat, koji je pripojio Varaždinskom arhiđakonatu, iako su župe Remetinec, Mađarevo, Ljubešćica i Svibovec bile izdvojene iz Kalničkog arhiđakonata. Kasnije je nadbiskup Franjo Kuharić izdao dekret 31. svibnja 1979. u kojem spaja Jasenovački i Kostajnički dekanat u jedan novi, pod imenom Dubički dekanat, te se ujedno arhiđakonat Dubički, koji je imao samo ta dva mala dekanata, spaja s Gorskim u jedan arhiđakonat pod imenom Gorsko-dubički. Dvije godine kasnije pokrenuto je slično pitanje malog arhiđakonata Vrbovečkog (de Urbocz), koji je imao samo 14 župa u dva manja dekanata, pa je nadbiskup Franjo Kuharić izdao je dekret od 9. listopada 1981., kojom se arhiđakonat Vrbovečki (de Urbocz) ujedinjuje s arhiđakonatom Zagorskim pod nazivom „arhiđakonat Zagorje“ (Zagorje i Vrbovec). To spajanje arhiđakonata Gore i Dubice i jedan, te Zagorja i Vrbovca (Urbocz) u jedan arhiđakonat, naznačeno je u službenim ispravama, pa Zagrebačka nadbiskupija od toga vremena ima 13 arhiđakonata.

Tijekom Drugog svjetskog rata i u poraću Zagrebačka nadbiskupija pretrpjela je velike ljudske gubitke i materijalne štete. Ubijen je 71 svećenik, 7 sjemeništaraca i bogoslova, te desetak redovnica. U logorima je u poraću robijalo 155 svećenika, a 24 svećenika su prognana. Poznata su 32 slučaja nasilnog ponašanja nad svećenicima, kao i 102 mjesta u Zagrebačkoj nadbiskupiji gdje su učinjena umorstva Hrvata katolika nakon Drugoga svjetskog rata (usp. S. Kožul, Martirologij, Zagreb 1998., str. 7). Uništeno je, razoreno ili oštećeno preko 250 katoličkih crkava i kapela.
U Domovinskom ratu, od srpskih napadača uništen je još veći broj sakralnih objekata. Razorene su ili oštećene crkvene građevine na 463 mjesta Zagrebačke nadbiskupije: 340 građevina, 93 raspela i devastirano 30 groblja.
Zagrebačka nadbiskupija, iako okovana totalitarnom komunističkom vlašću, čuvala je svoju slobodu i imala brojna slavlja, poput onih 1971. i 1984. godine na Mariji Bistrici  (Marijanski i Mariološki kongres, NEK). Godine 1994. nadbiskupija je slavila 900. obljetnicu svoga postojanja. Tom prigodom, vjernike Zagrebačke crkve i cijele Hrvatske posjetio je papa Ivan Pavao II., 10. – 11. rujna 1994. godine. Na zajedničku misu s Papom došlo je oko milijun hrvatskih hodočasnika.
Bio je to najveći vjernički skup koji je ikada održan u Hrvatskoj. Krajem iste godine, 3. – 5. studenoga 1994. u Zagrebu je održan znanstveni skup o Zagrebu i Zagrebačkoj nadbiskupiji. Rasprave s toga skupa objavljene su u značajnom zborniku posvećenom kardinalu i nadbiskupu Franji Kuhariću.

Šematizam Zagrebačke nadbiskupije iz 1996. godine donosi, da je nadbiskupija podijeljena u 13 arhiđakonata s 45 dekanata i 473 župa. Biskupijski svećenici upravljaju s 419, a redovničke zajednice s 54 župa. Biskupijskih svećenika bilo je 458 u pastvi i 78 u drugim službama i 16 izvan nadbiskupije, te 60 umirovljenih, što ukupno iznosi 612 svećenika Zagrebačke nadbiskupije. U Zagrebačkoj nadbiskupiji te je godine djelovalo 84 redovnika u pastvi i 258 u samostanima, ukupno 342, te još 1.736 sestara redovnica. U nadbiskupiji već je djelovalo 459 vjeroučitelja i vjeroučiteljica, od čega 181 sestara redovnica i 278 vjeroučitelji laici. Na KBF-u Sveučilišta u Zagrebu studiralo je akademske godine 1995./96. 114 svećeničkih kandidata, 100 redovničkih kandidata, 14 redovnica i 265 laika, ukupno 493 studenata. Uz nadbiskupa i kardinala Franju Kuharića djelovala su 3 pomoćna biskupa: Dr. Đuro Kokša (od 1978.), Juraj Jezerinac (od 1991.) i Marko Culej (od 1992.).
 
Godine 1997. Sveta Stolica osniva na području dotadašnje velike Zagrebačke nadbiskupije Požešku biskupiju sa sjedištem u Požegi i Varaždinsku biskupiju sa sjedištem u Varaždinu. Godine pak 2009. Sveta Stolica osniva, a 2010. provodi u djelo ponovno osnivanje Sisačke biskupije sa sjedištem u Sisku i osnivanje Bjelovarsko-križevačke biskupije sa sjedištem u Bjelovaru.
Požeškoj biskupiji pripale su sve župe Požeškoga, Virovitičkoga, Našičkoga, Novokapelskoga, Novogradiškoga i Pakračkoga dekanata, kao i župe Jasenovac, Krapje i Lonja, što znači 3 povijesna arhiđakonata: Vaška, Gušće i Svetačje, te 3 spomenute župe iz Dubičkog dekanata u arhiđakontu Gorsko-dubičkom. Granica je na rijeci Ilovi, odnosno na povijesnoj granici kraljevine Hrvatske i Slavonije.
Varaždinskoj biskupiji pripale su sve župe Donjovaraždinskoga, Gornjovaraždinskog, Varaždinskotopličkog, Donjomeđimurskog, Gornjomeđimurskog, Đurđevačkog, Koprivničkog, Virovskog i Bednjanskog dekanata, što znači 3 arhišđakonata: Varaždinski, Bekšinski i Komarnički, te Bednjanski dekanat iz Zagorskog arhiđakonata.

Požeškoj biskupiji pripalo je 85 župa slavonskog dijela dotadašnje Zagrebačke nadbiskupije, a Varaždinskoj biskupiji pripalo je 96 župa međimursko-varaždinskog i zagorsko-podravskog dijela Zagrebačke nadbiskupije. Dotadašnji svećenici Zagrebačke nadbiskupije postali su prvi biskupi novih biskupija: dr. Antun Škvorčević u Požegi i Marko Culej u Varaždinu. U Zagrebu se također dogodila promjena.
U mirovinu je otišao za Crkvu i domovinu Hrvatsku zaslužni nadbiskup i kardinal Franjo Kuharić, a novim nadbiskupom postao je dotadašnji krčki biskup Josip Bozanić. Sve ove promjene dogodile su se u prvoj godini trogodišnje pripreme za ulazak u novo kršćansko tisućljeće.
Papa Ivan Pavao II. posjetio je Hrvatsku i drugi put, 2. – 4. listopada 1998. godine. Taj put je na veličanstvenom misnom slavlju u Mariji Bistrici proglasio blaženim zagrebačkoga nadbiskupa, kardinala Alojzija Stepinca.
Zagrebački nadbiskup Josip Bozanić izdao je 8. svibnja 2001. dekret, kojim daje nova imena arhiđakonatima i dekanatima, čuvajući povijesni kontinuitet i vodeći brigu o većim gradovima ili mjestima toga područja, uz manju korekciju granica, budući je Zagrebačka nadbiskupija ostala u novim granicama nakon uspostave Požeške i Varaždinske biskupije.

Tada je Zagrebačka nadbiskupija (1997.-2009.) imala 7 arhiđakonata s dekanatima:
Katedralnom arhiđakonatu pripadaju dekanati: Gornjogradski, Maksimirsko-trnjanski, Trešnjevački, Kustošijski, Novozagrebački, Remetski, Resnički, Sesvetsko-vugrovečki.
Bjelovarsko-kalničkom arhiđakonatu pripadaju dekanati: Bjelovarski, Križevački, Vrbovečko-cirkvenski i Zelinski.
Čazmansko-moslavačkom arhiđakonatu pripadaju dekanati: Čazmansko-ivanićgradski, Dugoselski, Garešnički i Kutinski.
Karlovačko-goričkom arhiđakonatu pripadaju dekanati: Karlovački, Dugoreško-mrežnički, Jastrebarski i Ozaljsko-lipnički.
Sisačko-gorskom arhiđakonatu pripadaju dekanati: Sisački, Dubičko-kostajnički i Glinsko-petrinjski.
Turopoljskom arhiđakonatu pripadaju dekanati: Velikogoričko-odranski, Pokupsko-vukomerički, Samoborsko-okićki i Svetonedeljski.
Zagorskom arhiđakonatu pripadaju dekanati: Krapinski, Stubički, Tuheljsko-pregradski, Zaprešički i Zlatarsko-belečki.

Novi dekanat Vrbovečko-cirkvenski nije zaživio u svom novom obliku, nego je od 2002. godine ostao u dva dekanata: Cirkvenskom i Vrbovečkom. Slično je bilo i s dekanatom Čazmansko-ivanićgradskim, koji je ostao u Čazmanskom dekanatu i Ivanićgradskom dekanatu, kako je bilo zaključeno na Sinodi 1925. godine. Tako su konačno nastala i zaživjela 34 dekanata u 7 arhiđakonata, koji su dobili imena: Katedralni arhiđakonat s 8 dekanata, Bjelovarsko-kalnički s 5 dekanata, Čazmansko-moslavački s 5 dekanata, jer je osnovan novi, Dugoselski dekanat i pripojen tada ovom arhiđakonatu, Karlovačko-gorički s 4 dekanata, Sisačko-gorski s 3 dekanata, Turopoljski s 4 dekanata i Zagorski arhiđakonat s 5 dekanata, jer su mu pripojena 2 dekanata iz Katedralnog arhiđakonata: Zaprešički (Susedgradski) i Stubički. Kako je Dekret stupio na snagu 10. svibnja 2001, to je Nadbiskup imenovao arhiđakone (SVZN, br. 3./2001., str. 107-112).