U rujnu 1406. on se naziva zagrebačkim biskupom i gubernatorom varadinskim, a kasnije se, do rujna 1407., opet pojavljuje kao zagrebački biskup. Za razliku od prvog burnog i spornog biskupovanja, drugo je bilo mirno, neometano i blagotvorno. Vrativši se u Zagreb, Eberhard je nastojao srediti stanje biskupske nadarbine, upropašteno za njegove odsutnosti i zauzetosti "raznim svjetovnim gubernaturama". Koliko je Eberhard mudro upravljao biskupskom nadarbinom svjedoči i podatak o veličini pristojbe za imenovanje zagrebačkog biskupa, koju je trebalo platiti kuriji u Rimu. 
Biskup Eberhard održao je u tom razdoblju i dvije biskupijske sinode. Prva je sinoda održana 1412. godine, a druga 30. listopada 1414. godine. 

Mnogo je pridonio gradnji zagrebačke katedrale. Od Eberhardova dolaska na zagrebačku biskupsku stolicu prošlo je gotovo šesto godina. Današnjim očima procjenjivati njegove postupke i uopće prilike u Crkvi i politici bilo bi potpuno promašeno. On je bio čovjek svojega vremena, plemić, svećenik, biskup, graditelj, gospodar biskupskog feuda, političar, pa čak i ratnik.

Izvor: Batelja i dr., Zagrebački biskupi i nadbiskupi, Školska knjiga, Zagreb, 1995.