Jedan od prvih koraka u pripremi Sinode bio je poziv zagrebačkog nadbiskupa mons. Josipa Bozanića svim vjernicima Zagrebačke nadbiskupije na molitvu kako bi Sinoda postala »milosni događaj za našu mjesnu Crkvu« (usp. SVZN, 89 (2002) 5, 215).
Službenu Molitvu za Sinodu prvi je javno izmolio nadbiskup Bozanić, i to u zagrebačkoj katedrali zaključujući propovijed na euharistijskom slavlju o blagdanu bl. Alojzija Stepinca, 10. veljače 2003. Tekst Molitve za Sinodu sastavio je sadašnji pomoćni zagrebački biskup mons. Ivan Šaško, profesor liturgike na Katoličkom bogoslovnom fakultetu u Zagrebu i član Središnjeg pripremnog povjerenstva Druge sinode Zagrebačke nadbiskupije.
Mons. Ivan Šaško je autor i teksta Himna Sinode pod nazivom »Hodimo u novosti života«, za koji je glazbu skladao svećenik Zagrebačke nadbiskupije mo. Miroslav Martinjak, predstojnik Instituta za crkvenu glazbu »Albe Vidaković« pri Katoličkom bogoslovnom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu i dirigent zagrebačke katedrale, a za snimanje otpjevao zbor Instituta za crkvenu glazbu »Albe Vidaković« Katoličkog bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu.
