Nadbiskup Bozanić najprije je imenovao tajnika pripremnog razdoblja Druge sinode Zagrebačke nadbiskupije, a potom su uspostavljena i središnja tijela pripreme Sinode. Središnje pripremno povjerenstvo i Tajništvo za pripremu Sinode, kao tijela čiji je zadatak bio koordinirati, organizirati i provesti proces nadbiskupijskog savjetovanja, aktivno su djelovali kroz cijelo pripremno razdoblje.
Uz njih su uspostavljena i druga tijela čija je služba prestala izvršavanjem određenih zadataka (dekanatski koordinatori, studijske skupine i Redakcijska komisija).