Ratno razdoblje i montirani sudski proces
Za vrijeme II. svjetskog rata, nakon njemačke okupacije Jugoslavije uspostavljena je Nezavisna Država Hrvatska, oslonjena na sile osovine. Stepinac se u to vrijeme ne veže ni uz koju političku stranku ili pokret. Dosljedan u svom rodoljublju, ali nadasve vjeran pastirskom poslanju, sa svom slobodom i neustrašivošću javno osuđuje rasna, ideološka i politička progonstva. I u javnim nastupima i u tolikim pismenim interventima hrabro zahtijeva poštivanje svake osobe, bez razlike rase, narodnosti, vjere, spola i dobi. Vjeran Evanđelju, neumorno osuđuje zločine protiv čovještva i sve druge nepravde. Odmah po donošenju rasističkih zakona, već u travnju 1941. upućuje najoštriji prosvjed vlastima. Spašavao je progonjene Židove, Srbe, Cigane, Slovence, Poljake, kao i Hrvate komuniste.
Već u prvim mjesecima nakon osnutka hrvatske države hitno intervenira i poručuje: "Po katoličkom moralu nikada nije dozvoljeno ubijati taoca za krivice, koje su drugi počinili." A 25. listopada 1942. u zagrebačkoj katedrali izjavljuje: "Svaki narod i svaka rasa, kako se danas odrazuju na zemlji imade pravo na život dostojan čovjeka i na postupak dostojan čovjeka. Svi oni bez razlike, bili pripadnici ciganske rase ili koje druge, bili crnci ili uglađeni Europejci, bili omraženi Židovi ili oholi Arijanci, imadu jednako pravo da govore: "Oče naš koji jesi na nebesima!" I ako je Bog svima podijelio to pravo, koja ga ljudska vlast može nijekati?" Protivio se nasilnim vjerskim prijelazima, a kad ih nije mogao spriječiti, daje kleru povjerljivu instrukciju: da one koji zatraže prijelaz - da bi na taj način spasili svoj život - prime u Katoličku Crkvu bez ikakvih uvjeta, jer "kad prođe ovo vrijeme ludila i divljaštva, ostat će u našoj Crkvi oni koji budu konvertirali zbog uvjerenja, dok će se ostali, kada opasnost prođe, vratiti u svoju".
Njemu su se sa svih strana utjecali siromasi i prognanici. Prihvatio je tristotinjak svećenika protjeranih iz Slovenije. Njegov je Caritas pomagao ne samo ugroženim Hrvatima nego i svima drugima: Srbima, Židovima, Slovencima, Poljacima itd. Zbog svega toga, a osobito zbog osuda fašističkih i nacističkih progona, postao je vlastima nepoćudna osoba. Hitlerov je GESTAPO pripremio plan da ga ubije, a vlasti su više puta tražile da ga Sveta Stolica makne s nadbiskupske stolice u Zagrebu.
Komunistički napadi
Nakon završetka II. svjetskog rata u Hrvatskoj je, kao i u čitavoj Jugoslaviji, vlast preuzela Komunistička partija zadojena boljševičkom ideologijom, osobito militantnim ateizmom. Nadbiskup Stepinac bio je već 17. svibnja 1945. uhićen, u zatvoru do 3. lipnja. Već sutradan, 4. lipnja, sam ga je Tito u Zagrebu pozvao na razgovor. Iz toga razgovora, a osobito iz razgovora što ga je dva dana ranije Tito vodio s predstavnicima katoličkoga klera u Zagrebu, bilo je jasno da novi režim hoće "narodnu Crkvu", neovisnu o Svetoj Stolici. To je za Stepinca značilo dirnuti u srce katoličkoga jedinstva. Ubrzo se pokazalo da je na djelu planirani žestoki progon Crkve koji se okomio ne samo na biskupe i svećenike nego i na vjernike.
Razmahala se neviđena medijska kampanja protiv Crkve, posebno protiv nadbiskupa Stepinca. Ta će kampanja potrajati s različitim intenzitetom sve do povijesnog silaska komunizma s europske političke scene.
U rujna 1945. Stepinac je stoga sazvao Biskupsku konferenciju da razmotri novonastalu konstelaciju. Biskupi su 22. rujna izdali pastirsko pismo koje dokumentirano i hrabro iznosi sva nasilja i nepravde što ih je nova vlast počinila u ratno i poratno vrijeme protiv vjere i Crkve, ali i protiv slobode savjesti svojih građana. Uslijedio je još bjesniji progon, usredotočen na zagrebačkog nadbiskupa Stepinca. Počelo je i s tvornim napadima, kao npr. kamenovanje u Zaprešiću kraj Zagreba 4. studenoga 1945. Nakon toga je nadbiskup bio prisiljen da više ne izlazi po pastirskom poslu. U siječnju 1946. vlasti su preko novog papinskog izaslanika Hurleya čak zatražile da ga Sveta Stolica makne iz službe zagrebačkog nadbiskupa.
Montirani sudski proces
Nakon sve žešćih pogrda i napada na njegovu osobu, ponovno je uhićen 18. rujna 1946. te je 30. rujna izveden pred već montirani politički sudski proces. Znamenit je njegov govor pred sudom 3. listopada, koji nije samo obrana nego optužnica nepravednog suda i vjeroispovjest za koje je svetinje on spreman položiti i život.
Na temelju iznuđenih izjava i lažnih svjedočanstava, čak i krivotvorenih dokumenata, nevin je osuđen 11. listopada 1946. na 16 godina zatvora i prisilnog rada te daljnjih 5 godina lišenja svih građanskih prava.
19. listopada 1946. odveden je na izdržavanje kazne u kazneno-popravni dom u Lepoglavi gdje je bio do 5. prosinca 1951. Bilo mu je doduše dopušteno slavljenje mise i čitanje teoloških knjiga, ali je držan u potpunoj izolaciji, podvrgnut trajnim ponižavanjima i stresovima, a po svoj prilici i trovanju, što je uvelike narušavalo njegovo zdravlje. Po svjedocima u procesu za beatifikaciju bio je na popisu zatočenika osuđenih na likvidaciju.
Nakon 1864 dana provedenih u lepoglavskom zatvoru, 5. prosinca 1951. bio je premješten na izdržavanje preostalog dijela kazne u internaciju u rodni Krašić. U zatočeništvu, 12. siječnja 1953. imenuje ga kardinalom papa Pio XII. na što su vlasti prekinule diplomatske odnose sa Svetom Stolicom. Nije mogao u Rim ni po kardinalski grimiz, a po smrti Pija XI. ni u konklave, jer nije bio siguran da će se moći vratiti u domovinu, a htio je po svaku cijenu ostati sa svojim narodom.
